El primer paso es abrir QGIS. Añadir una nueva capa vectorial, seleccionar Base de Datos y Nueva.
Segundo paso es ingresar los datos de conexión. Tipo: MySQL, nombre: como quieras llamar a tu conexión, base de datos: el nombre de la base de datos, usuario y contraseña de la base de datos (phpmyadmin). Si los datos están correctos te lanzará un mensaje de conexión exitosa.
Por último, una vez que has creado la conexión, lo único que tienes que hacer es volver a agregar una capa vectorial, seleccionar «Base de Datos», en conexiones buscas el nombre que le pusiste a tu conexión, abrir y listo.
Si quieres saber como importar un archivo .SHP en una base de MySQL dale clic aquí. Si quieres tienes alguna duda o quieres que haga un tutorial más detallado por házmelo saber en los comentarios.
Geotecmática 
Hola, qué tal, yo estoy buscando información sobre cómo utilizar las coordenadas guardadas en MYSQL para representar puntos en un mapa pero no encuentro, agradeceré si me puedes ayudar, saludos.
Qué tal Juan Carlos, disculpa por no contestar antes, si puedo ayudarte, si ya es demasiado tarde, de todos modos preparé un tutorial para hacerlo, utilizando OpenLayers y MySQL.